El recorrido fundamental de la obra de Fals Borda está dado en la conjunción de la indagación sociológica con el compromiso político en beneficio de los «sectores populares» (campesinos y proletariado agrícola principalmente), en cuya «praxis» postula la «investigación-acción participativa». Su obra es consultada desde diversas disciplinas, al considerarse que activa innovaciones metodológicas en la práctica sociológica.
Se constituyó en uno de los fundadores y representantes más destacados de la Investigación Acción Participativa (IAP), método de investigación cualitativa que pretende no sólo conocer las necesidades sociales de una comunidad, sino también agrupar esfuerzos para transformar la realidad con base en las necesidades sociales.
En la juventud fue influenciado por Richard Shaull y la teología de la liberación, lo cual ocasionó que fuera separado de la Iglesia Presbiteriana de Colombia, pero él continuó profesando el cristianismo toda su vida, como lo expresó públicamente en 1992.
La propuesta de Fals Borda de «descolonizar las ciencias sociales» contribuyó a desarrollar algunas interpretaciones críticas recientes, como el pensamiento decolonial, vinculado al análisis de los efectos de la modernidad y el colonialismo en el Sur global.